آزمون دقیق فیشر Fishers exact test با گراف پد پریسم

آزمون دقیق فیشر چیست؟

آزمون دقیق فیشر (Fishers exact test) یکی از آزمون‌های خانواده کای دو است که بررسی وجود ارتباط و یا مستقل بودن دو کمیت گروه‌بندی شده از یکدیگر، می‌پردازد. کاربرد آن نیز زمانی است که تعداد داده‌‌ها حداقل در یک خانه نسبت به سایر خانه‌های جدول توافقی اندک باشد. 

در این آموزش به بررسی آزمون دقیق فیشر و نحوه کار با نرم‌افزار GraphPad Prism جهت آزمودن فرضیه استقلال میان کمیت‌ها می‌پردازیم. گراف پد نرم‌افزاری بسیار کارآمد و پرکاربرد چهت انجام طیف متنوعی از تحلیل‌های آماری می‌باشد.

دریافت ویدئو کامل تحلیل آزمون دقیق فیشر Fisher Exact Test با GraphPad Prism

شروع کار: نرم‌افزار گراف پد خود را باز کنید.

ما در این آموزش از جدیدترین نسخه گراف پد پریسم یعنی شماره 7 استفاده می‌کنیم. کار با ورژن‌های پایین‌تر مشابه است. هنگامی که نرم‌افزار را باز می‌کنید از قسمت سمت چپ با عنوان New Table & Graph تحلیل Contingency را انتخاب کنید. اگر می‌خواهید روی داده‌های اصلی خود کار کنید در کادر Enter/import data گزینه Start whit an empty data table را انتخاب کنید. این انتخاب سبب می‌شود که با یک جدول داده خالی جهت وارد کردن داده‌های خود، روبه‌رو باشیم.

چنانچه تمایل دارید بر روی داده‌های آموزشی نرم‌افزار گراف پد، آزمون دقیق فیشر را انجام دهید، در کادر Use tutorial data گزینه Fishers exact test of retrospective data را انتخاب کنید. در اینجا یک مثال آموزشی بر داده‌های مطالعه گذشته‌نگر مورد – شاهد آمده است.

ما کار ارایه تحلیل آزمون دقیق فیشر را بر داده‌های آموزشی نرم‌افزار انجام می‌دهیم. در داده‌های آموزش آزمون دقیق فیشر ، چگونگی انجام تحلیل و مسیر استفاده از تنظیمات نرم‌افزار به همراه تفسیر نتایج، بررسی می‌شود. دکمه Create را بزنید. جدول داده زیر باز خواهد شد.

داده‌های خود را مشاهده کنید.

داده‌ها در یک برگه با نام Retrospective (smoking and cancer) از فولدر Data Tables قرار گرفته‌اند. همان‌گونه که از توضیحات نوشته شده در کادر زرد رنگ Note برمی‌آید، داده‌ها در دو سطر و ستون و به صورت یک جدول توافقی 2*2 آمده‌اند. سطرها با نام‌های Smoked و Never smoked به دو نوع exposures اشاره دارند. ستون‌ها نیز همان مورد – شاهد با نام‌های Cases (lung cancer) و Control هستند.

چهار عدد نیز در برگه مشاهده می‌شود. هر عدد نشان می‌دهد چه تعداد افراد در یک exposures در گروه Case هستند و یا Control. به عنوان مثال داده‌ها نشان می‌دهند 688 نفر از گروه Case (دارای سرطان ریه) در معرض سیگار بوده‌اند.

هدف مطالعه آن است دریابیم آیا ارتباط بین سرطان و سیگار خارج از تصادف و شانس و به صورت آماری معنادار است یا خیر؟

جهت انجام تحلیل آزمون دقیق فیشر به سادگی به منوی بالای صفحه با نام Analyze بروید.

پنجره Analyze Data باز خواهد شد. در کادر Contingency table analyses تحلیل Chi-square (and Fisher’s exact) test را انتخاب کنید. دکمه OK را بزنید.

پنجره Parameters: Chi-square (and Fisher’s exact) test باز می‌شود. این پنجره دارای دو تب Main Calculation و Options می‌باشد. ما از تب Main Calculation شروع می‌کنیم.

انتخاب پارامترهای آزمون دقیق فیشر

تب Main Calculation دارای دو بخش اصلی است. یکی با نام Effect size to report که به انتخاب آماره‌های ارزیابی آزمون می‌پردازد و دیگری با نام Method to compute the P value که به روش محاسبه مقدار احتمال آزمون اشاره می‌کند.

کادر Effect size to report

این کادر دارای چهار گزینه است. در یک مطالعه آینده‌نگر Relative Risk گزارش می‌شود. این آماره که به اختصار RR و به فارسی ریسک نسبی نامیده می‌شود، نسبت وقوع Outcome در دو Treatment را نشان می‌دهد. نحوه محاسبه آن در یک مثال فرضی به صورت زیر است.

گزینه دیگری که در مطالعات آینده‌نگر استفاده می‌شود، Attributable Risk به همراه NNT خواهد بود. Attributable Risk به عنوان اختلاف بین نسبت‌ها و NNT (Number needed to treat) تعداد فراوانی افراد مورد نیاز جهت درمان Treat را بیان می‌کند.

ما هنگامی که به تحلیل نتایج آزمون کای دو بپردازیم، در این‌باره بیشتر صحبت خواهیم کرد. به هر حال مطالعه ما گذشته‌نگر است و با این دو شاخص در این مثال کاری نداریم.

به کارتان می‌آید: آزمون کای دو Chi-square با گراف پد پریسم

دو گزینه دیگر بسیار مهم و کاربردی هستند.

نسبت بخت‌ها در یک مطالعه گذشته‌نگر مورد – شاهد استفاده می‌شود. Odds ratio به شانس وقوع Case (در اینجا Cases lung cancer) در exposures می‌پردازد و به صورت زیر محاسبه می‌شود. این شاخص عموماً در مطالعات گذشته نگر اسنفاده می‌شود.

شاخص‌های حساسیت Sensitivity و ویژگی Specificity و مقادیر پیش‌بین Predictive values برای آزمون‌های تشخیصی استفاده می‌شوند و خود موضوع مفصلی است که به آن می‌پردازیم.

کادر Method to compute the P value

در این کادر نیز بسته به نحوه انتخاب داده‌ها، چهار روش آزمون قرار داده شده است.

آزمون دقیق فیشر، آزمون کای دو اصلاح شده یتس، آزمون کای دو متداول و آزمون کای دو برای روند، چهار روش تحلیل ما هستند. با توجه به داده‌ها ما آزمون دقیق فیشر را انتخاب می‌کنیم.

تب Options

هنگامی که تب options را انتخاب می‌کنیم، نرم‌افزار انتخاب‌هایی را جهت نحوه محاسبه P value، فاصله اطمینان و روش محاسبه فرمول فاصله اطمینان، بسته به اینکه کدام پارامترها و شاخص‌ها را در تب Main Calculation انتخاب کرده‌ایم، قرار می‌دهد. تنظیمات قرار داده شده در این تب پیش‌فرض نرم‌افزار است و لزومی به ویرایش آن‌ها به جز در موارد خاص نمی‌باشد.

مشاهده نتایج آزمون دقیق فیشر

به این ترتیب پنجره تنظیمات آزمون دقیق فیشر با نرم‌افزار گراف پد پریسم به پایان می‌رسد. OK کنید. نتایج در فولدر Results پنجره Navigator Panel با عنوان Contingency of Retrospective (smoking and cancer) قابل مشاهده است. همچنین می‌توانید در فولدر Graphs نمودارهای مرتبط با تحلیل فیشر را ببینید.

نتایج در چندین کادر و در برگه Contingency of Retrospective (smoking and cancer) ارایه شده است. به تفکیک به بیان هر تحلیل می‌پردازیم.

در کادر Table Analyzed روش تحلیل، آماره آزمون، مقدار احتمال و نتیجه آزمون آمده است. 0.0001>P value نشان‌دهنده وجود ارتباط معنادار بین سرطان ریه و سیگار است. بنابراین نتیجه می‌شود که در معرض سیگار قرار گرفتن بر وقوع lung cancer به صورت معنادار موثر است. اندازه تاثیر و پاسخ به این سوال که چقدر موثر است در بخش‌های دیگر نتایج آمده است.

Effect size در تحلیل نتایج

حتماً به یاد دارید که در تب Main Calculation شاخص Odds ratio را جهت گزارش اندازه تاثیر انتخاب کردیم. حال در برگه نتایج می‌توانید مقدار آن‌ را به همراه فواصل اطمینان 95 درصد مشاهده کنید.

نسبت بخت برابر با 2.974 به دست آمده است. به سادگی این عدد نشان می‌دهد در معرض سیگار قرار گرفتن حدود 3 برابر شانس سرطان ریه را افزایش می‌دهد. فاصله اطمینان 95 درصد برای OR نیز به صورت (4.9 ، 1.819) گزارش می‌شود.

Data analyzed در تحلیل نتایج

در کادر Data analyzed جدول توافقی داده‌ها به همراه تعداد کل آمده است.

در ادامه درصدها بیان شده است. درصدها در سه حالت سطری، ستونی و کل آمده است.

به عنوان مثال %51.42 حاصل تقسیم عدد 688 که تعداد افراد سیگاری دارای سرطان ریه را نشان می‌دهد بر 1338 کل افراد سیگاری می‌باشد.

رسم گراف در آزمون دقیق فیشر

در فولدر Graphs برگه با نام‌ Retrospective (smoking and cancer) دیده می‌شود.

هنگامی که روی برگه گراف کلیک می‌کنیم، پنجره زیر با نام Change Graph Type باز می‌شود.

در این محیط می‌توانید ویرایش‌های دلخواه و مورد نیاز بر روی نحوه نمایش گراف را انجام دهید. اگر OK کنیم شکل زیر رسم خواهد شد.

در گراف به دست آمده exposuresها به ازای Case و Control دیده می‌شود. با دبل کلیک کردن بر روی گراف می‌توان ویرایش‌های دلخواه را نیز انجام داد.

در این آموزش آموختیم چگونه می‌توان آزمون دقیق فیشر را طراحی کرد، فرضیه ارتباط بین Case و exposures را پذیرفت یا رد کرد. همچنین توانستیم شاخص اندازه تاثیر نسبت بخت را به دست آورده و گراف مناسب را رسم کنیم.

ارایه خدمات تحلیل آماری با GraphPad

گراف پد ارایه خدمات تحلیل‌های آماری با نرم‌افزار GraphPad در تحقیقات و مطالعات را انجام می‌دهد. جهت دریافت نکات بیشتر و نحوه کار می‌توانید مختصری از کار خود را ارسال نمایید. به سرعت تقاضای شما را بررسی و نتایج تحلیل داده‌ها را به صورت اختصاصی و کامل ارسال خواهیم کرد.